Секвенирование генома
Заказать исследования
Получите самую полную генетическую информацию об объекте исследования
Геном представляет собой полный набор генетической информации организма. Сравнивая генетические данные объекта исследования с референсным геномом, можно изучать однонуклеотидные варианты (SNVs), малые вставки и делеции (Indels), вариации числа копий (CNVs) и структурные варианты (SVs).
Исследования полного генома вносят вклад в:
Исследования полного генома вносят вклад в:
- изучение рака, подходы персонализированной медицины и трансляционные исследования;
- открытие биомаркеров и понимание фармакогенетики;
- исследование заболеваний;
- агрогенетику;
- изучение микроорганизмов.
Оборудование Illumina и PacBio
Изучите наш портфель продуктов для секвенирования генома
Мы предоставляем комплексную и первоклассную поддержку проекта — от выбора подходящего продукта до оценки данных.
WGS Large Classic
Виды
Человек, Мышь/Крыса
Качество ДНК
Высокомолекулярная ДНК
Протокол
+/- ПЦР амплификация
Длина прочтений
2 x 150 bp
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
90 Гб
(~30X для генома человека)
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
67 500 руб
WGS Small Classic
Виды
Микроорганизмы
(размер генома менее 20 Мб)
Качество ДНК
Высокомолекулярная ДНК
Протокол
+ПЦР амплификация
Длина прочтений
2 x 150 или 2 x 100 bp
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
2 Гб
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
15 550 руб
WGS Flex
Виды
Различные
Качество ДНК
Различное качество ДНК
(например, фрагментированная)
Протокол
+/- ПЦР амплификация
Длина прочтений
2 x 150 или 2 x 100 bp
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответсвии с требованиями
HiFi WGS
Виды
Эукариоты, Прокариоты
Качество ДНК
Высокомолекулярная ДНК
Протокол
- ПЦР амплификация
Длина прочтений
До 18 кб
Платформа секвенирования
PacBio
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответсвии с требованиями
Оборудование
Исследования проводятся с использованием системы NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений.
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
Результаты исследования
По умолчанию, в доставку включены демультиплексированные
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
Удаленный носитель
Физический носитель
Размещение данных
на защищенном сервере
Доставка данных
на жестком диске
Анализ образцов ДНК с использованием платформы Illumina для:
Для образцов человеческой ДНК мы можем проводить анализы, основанные на человеческих референсах hg19 или GRCh38.
Уровень 1:
Уровень 2:
Уровень 3:
выявление однонуклеотидных вариантов (SNVs) и малых вставок и делеций (InDels) (формат VCF);
выявление регионов гомозиготности (ROH) (форматы BED и CSV) (только для образцов человека);
метрики (формат CSV).
Уровень 4:
Уровень 5:
- WGS Large Classic
- WGS Small Classic
- WGS Flex
- WGS Large Classic и WGS Flex анализируются с использованием платформы Illumina DRAGEN Bio-IT. WGS Small Classic анализируется с использованием пайплайна CeGaT.
Для образцов человеческой ДНК мы можем проводить анализы, основанные на человеческих референсах hg19 или GRCh38.
Уровень 1:
- демультиплексирование и обрезка адаптеров (формат FASTQ);
- метрики (формат CSV);
- отчет MultiQC (формат HTML).
Уровень 2:
- картирование (формат BAM);
- предсказание плоидности половых хромосом (файл CSV) (только для образцов человека);
- метрики (формат CSV).
Уровень 3:
выявление однонуклеотидных вариантов (SNVs) и малых вставок и делеций (InDels) (формат VCF);
выявление регионов гомозиготности (ROH) (форматы BED и CSV) (только для образцов человека);
метрики (формат CSV).
Уровень 4:
- аннотация SNVs и инделов (форматы JSON и TSV) (только для образцов человека).
Уровень 5:
- выявление вариаций числа копий (CNVs) (форматы VCF и GFF3) включая аннотации (форматы JSON и TSV) (аннотации только для образцов человека);
- обнаружение структурных вариантов (SVs), таких как транслокации, инверсии, а также крупные и средние инделы (форматы VCF и CSV) включая аннотации (форматы JSON и TSV) (аннотации только для образцов человека);
- метрики (формат CSV).
Анализ образцов ДНК с использованием платформы PacBio для:
Наш продукт HiFi WGS анализируется с использованием платформы PacBio.
Уровень 1:
Уровень 2:
Уровень 3:
- HiFi WGS
Наш продукт HiFi WGS анализируется с использованием платформы PacBio.
Уровень 1:
- демультиплексирование и клиппирование секвенированных данных (формат обрезанного BAM).
Уровень 2:
- обрезанные данные секвенирования в формате FASTQ.
Уровень 3:
- мэппинг секвенированных данных (форматы BAM и PBI).
Биоинформатика
Сырые данные секвенирования автоматически обрабатываются. Мы предлагаем разные уровни биоинформатического анализа. Базовый уровень - это Уровень 1 и он всегда включен в стоимость.
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Биоинформатика
Сырые данные секвенирования автоматически обрабатываются. Мы предлагаем разные уровни биоинформатического анализа. Базовый уровень - это Уровень 1 - он всегда включен в стоимость.
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Анализ образцов ДНК с использованием платформы Illumina для:
Для образцов человеческой ДНК мы можем проводить анализы, основанные на человеческих референсах hg19 или GRCh38.
Уровень 1:
Уровень 2:
Уровень 3:
выявление однонуклеотидных вариантов (SNVs) и малых вставок и делеций (инделов) (формат VCF);
выявление регионов гомозиготности (ROH) (форматы BED и CSV) (только для образцов человека);
метрики (формат CSV).
Уровень 4:
Уровень 5:
- WGS Large Classic
- WGS Small Classic
- WGS Flex
- WGS Large Classic и WGS Flex анализируются с использованием платформы Illumina DRAGEN Bio-IT. WGS Small Classic анализируется с использованием пайплайна CeGaT.
Для образцов человеческой ДНК мы можем проводить анализы, основанные на человеческих референсах hg19 или GRCh38.
Уровень 1:
- демультиплексирование и обрезка адаптеров секвенируемых данных (формат FASTQ);
- метрики (формат CSV);
- отчет MultiQC (формат HTML).
Уровень 2:
- картирование (формат BAM);
- предсказание плоидности половых хромосом (файл CSV) (только для образцов человека);
- метрики (формат CSV).
Уровень 3:
выявление однонуклеотидных вариантов (SNVs) и малых вставок и делеций (инделов) (формат VCF);
выявление регионов гомозиготности (ROH) (форматы BED и CSV) (только для образцов человека);
метрики (формат CSV).
Уровень 4:
- аннотация SNVs и инделов (форматы JSON и TSV) (только для образцов человека).
Уровень 5:
- выявление вариаций числа копий (CNVs) (форматы VCF и GFF3) включая аннотации (форматы JSON и TSV) (аннотации только для образцов человека);
- обнаружение структурных вариантов (SVs), таких как транслокации, инверсии, а также крупные и средние инделы (форматы VCF и CSV) включая аннотации (форматы JSON и TSV) (аннотации только для образцов человека);
- метрики (формат CSV).
Анализ образцов ДНК с использованием платформы PacBio для:
Наш продукт HiFi WGS анализируется с использованием платформы PacBio.
Уровень 1:
Уровень 2:
Уровень 3:
- HiFi WGS
Наш продукт HiFi WGS анализируется с использованием платформы PacBio.
Уровень 1:
- демультиплексирование и клиппирование секвенированных данных (формат обрезанного BAM).
Уровень 2:
- обрезанные данные секвенирования в формате FASTQ.
Уровень 3:
- мэппинг секвенированных данных (форматы BAM и PBI).
Требования к образцам
Перед отправкой образцов на секвенирование, крайне рекомендуем внимательно ознакомиться с требованиями к образцам, чтобы обеспечить наилучшие результаты.
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.
Закажите исследование
Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с Вами в ближайшее время!
+7 995 502 43 54
© ООО АЛЬГАВИТАПРО 2024 | Все права защищены
Общество с ограниченной ответственностью
"АЛЬГАВИТАПРО"
ИНН 7608035377
ОГРН 1187627012957
"АЛЬГАВИТАПРО"
ИНН 7608035377
ОГРН 1187627012957