Мы подготовили для Вас общий справочник: какие материалы принимаем, в каком количестве и качестве, как упаковывать и пересылать. Если что-то нестандартное — спросите, пожалуйста, менеджера до отправки материала
| Направление | Исследование | Требования к образцу | ||
|---|---|---|---|---|
| Количество ДНК | Концентрация | Объём | ||
| Услуги секвенирования | Секвенирование генома | ≥ 600 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 30 мкл |
| Секвенирование генома (PCR-free) | ≥ 1500 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 75 мкл | |
| HiFi-секвенирование генома | ≥ 3000 нг | ≥ 30 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| HiFi WGS de novo | ≥ 1000 нг | ≥ 30 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Секвенирование экзома | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Секвенирование ExomeXtra® | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Секвенирование панелей генов | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| секвенирование HiFi-панелей | ≥ 1000 нг | ≥ 40 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Эпигеномика | Секвенирование метилома | ≥ 600 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 30 мкл |
| HiFi-секвенирование метилома | ≥ 3000 нг | ≥ 30 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Анализ микробиома | Шотган-метагеномика | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл |
| Секвенирование полноразмерного гена 16S рРНК | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Трансляционная онкология |
Комплексное профилирование опухолей (CTP)
• CTP WGS
• CTP WES / CTP EXS
|
≥ 600 нг≥ 300 нг |
≥ 20 нг/мкл≥ 10 нг/мкл |
≥ 30 мкл≥ 30 мкл |
| Таргетное профилирование опухолей | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Жидкостная биопсия | ≥ 300 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| TSO500 | ≥ 600 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 30 мкл | |
| Иммунология | HLA-типирование | ≥ 600 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 30 мкл |
Пожалуйста, измеряйте концентрацию образца флуориметрическим методом, например с помощью Qubit. Качество образцов следует дополнительно оценивать на Fragment Analyzer или по оптической плотности. Мы рекомендуем использовать высокомолекулярную ДНК, обработанную РНКазой, с отношением A260/A280 в пределах 1,8–2,0. Фрагментированную ДНК также можно секвенировать, если библиотека подготовлена по специально подобранным или адаптированным нами протоколам. Все выделенные образцы ДНК необходимо предоставлять в воде квалификации «для молекулярной биологии», 10 мМ Tris-HCl (pH 8,0) или буфере для элюции без EDTA.
Просим отправлять образцы в пробирках Sarstedt объёмом 2 мл с завинчивающейся крышкой или в пробирках Eppendorf объёмом 1,5 мл. Для партий из 12 и более образцов используйте 96-луночные ПЦР-планшеты Eppendorf twin.tec с полной юбкой.
Для сборки бактериального генома de novo необходима выделенная ДНК из чистой культуры. Метагеномные образцы для этой задачи не подходят.
Если доступно меньшее количество исходного материала или образец деградирован, пожалуйста, свяжитесь с нами заранее — мы уточним возможность работы и требования к подготовке.
| Направление | Исследование | Требования к образцу | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Количество материала | Концентрация | Объём | Качество | ||
| Услуги секвенирования | Секвенирование кодирующего транскриптома | ≥ 500 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 25 мкл | RIN ≥ 8 |
| Секвенирование полного транскриптома | ≥ 500 нг | ≥ 20 нг/мкл | ≥ 25 мкл | RIN ≥ 3 | |
| Секвенирование малых РНК | ≥ 500 нгтотальной РНК |
≥ 20 нг/мкл | ≥ 25 мкл | RIN ≥ 8 | |
| 3′-секвенирование РНК одиночных клеток | 1 млн клеток | ||||
| Секвенирование РНК одиночных клеток Flex | 2 × 25 мкм FFPE-среза для образцов человека или 2 × 50 мкм FFPE-среза для образцов мыши; либо 1 млн фиксированных клеток | ||||
| Пространственное секвенирование транскриптома | FFPE-блок ткани или 2 FFPE-среза толщиной 5 мкм каждый | ||||
| Трансляционная онкология | Таргетное профилирование опухолей (FTP) FUS T | ≥ 50 нг | ≥ 2,5 нг/мкл | ≥ 20 мкл | — |
| Иммунология | Секвенирование РНК T-клеточных рецепторов | ≥ 250 нг | ≥ 10 нг/мкл | ≥ 25 мкл | — |
| Иммунопрофилирование одиночных клеток | 1 млн клеток | ||||
Пожалуйста, измеряйте концентрацию образца флуориметрическим методом, например с помощью Qubit. Качество образца следует дополнительно оценивать на Bioanalyzer или по оптической плотности; рекомендуемое отношение A260/A280 — около 2,0. Образцы РНК должны быть обработаны ДНКазой. Все образцы РНК необходимо предоставлять в воде квалификации «для молекулярной биологии», 10 мМ Tris-HCl (pH 8,0) или буфере для элюции без EDTA.
Просим отправлять образцы в пробирках Sarstedt объёмом 2 мл с завинчивающейся крышкой или в пробирках Eppendorf объёмом 1,5 мл. Для партий из 12 и более образцов используйте 96-луночные ПЦР-планшеты Eppendorf twin.tec с полной юбкой.
Для 3′-секвенирования РНК одиночных клеток и иммунопрофилирования одиночных клеток необходимы замороженные одноклеточные суспензии. Каждый образец должен содержать 1 млн клеток в 1 мл среды для криоконсервации; жизнеспособность клеток должна превышать 90%. До замораживания в суспензии не должно быть крупных клеточных агрегатов. Образцы следует предоставлять в пробирках объёмом 2 мл с завинчивающейся крышкой. Для Single-Cell RNA Sequencing Flex требуются 1 млн фиксированных клеток либо два FFPE-среза толщиной 25 мкм для образцов человека и два FFPE-среза толщиной 50 мкм для образцов мыши, подготовленные согласно руководству по подготовке образцов.
Для пространственного секвенирования транскриптома можно предоставить FFPE-блок ткани или FFPE-срезы на предметном стекле, одобренном 10x Genomics. Срез ткани должен располагаться в допустимой области стекла и быть без покровного стекла. Если размер ткани превышает 6,5 × 6,5 мм, отметьте интересующую область на изображении, окрашенном гематоксилином и эозином (H&E), и приложите его к образцу.
Если доступно меньшее количество исходного материала или образец деградирован, пожалуйста, свяжитесь с нами заранее — мы уточним возможность работы и требования к подготовке.
| Платформа | Проточная ячейка | Требования к библиотеке |
|---|---|---|
| Illumina NovaSeq™ X Plus | 1.5B, 5B и 10B | 60 мкл пула библиотек с концентрацией 10 нМ |
| 25B | 120 мкл пула библиотек с концентрацией 10 нМ | |
| Однодорожечные 10B и 25B | 60 мкл пула библиотек с концентрацией 5 нМ на каждую дорожку | |
| Illumina NovaSeq™ 6000 | SP, S1 и S2 | 60 мкл пула библиотек с концентрацией 10 нМ |
| S4 | 120 мкл пула библиотек с концентрацией 10 нМ | |
| Illumina MiSeq | 20 мкл пула библиотек с концентрацией 6 нМ | |
| PacBio Revio | 30 мкл библиотеки SMRTbell® | |
| PacBio Sequel IIe | 12 мкл библиотеки SMRTbell® | |
| Концентрация ДНК зависит от размера вставки библиотеки: | Размер вставки библиотеки | |
| ≥ 10 кб | ||
| 3 000–9 999 п. н. | ||
| 1 500–2 999 п. н. | ||
| 500–1 499 п. н. | ||
Готовые к загрузке библиотеки для платформ Illumina необходимо разводить в 10 мМ Tris-HCl (pH 8,5). Библиотеки PacBio следует предоставлять в буфере для элюции PacBio. Если для секвенирования библиотеки необходимо использовать ваши пользовательские праймеры чтения, приложите 30 мкл праймера с концентрацией 100 мкМ.
| Тип образца | Требования к образцу |
|---|---|
| Пробирки PAXgene Blood RNA | 3–5 мл |
| Пробирки для крови с EDTA / PAX | 1–2 мл |
| Карта для сухих пятен крови | 5 пятен (100 мкл) |
| Ткань | 10–30 мг (фрагмент 2 × 2 × 2 мм) |
| FFPE-ткань (содержание опухолевых клеток > 30%) | 10 срезов толщиной 10–20 мкм каждый |
| FFPE-ткань (содержание опухолевых клеток > 30%) для макродиссекции | 10 срезов толщиной 20–30 мкм каждый и 1 срез толщиной 5 мкм |
| Осадок клеток или клетки в буфере RLT | 1 млн клеток |
| Слюна | Пробирка ORAgene DNA (DNA Genotek) |
| Буккальный мазок | Пробирка ORAcollect DNA (DNA Genotek) |
| Образцы кала | Набор CeGaT для отбора образцов |
Свежие образцы кала необходимо либо сразу поместить в стабилизирующий раствор DNA/RNA Shield в соответствии с инструкцией к нашему набору для отбора образцов (в этом случае замораживание не требуется), либо немедленно заморозить. Даже кратковременное хранение в иных условиях может существенно исказить результаты анализа.
При отправке образцов на секвенирование, пожалуйста, соблюдайте следующие условия транспортировки:
Рекомендуем Вам всегда согласовывать условия транспортировки с нашим менеджером.
Оставьте контакты — менеджер свяжется в течение рабочего дня и поможет подобрать решение под задачу.
