Секвенирование Т-клеточных рецепторов

Разгадывая иммунный код: Секвенирование Т-клеточных рецепторов

Находящийся на поверхности Т-клеток, Т-клеточный рецептор (TCR) играет важную роль в распознавании антигенов, представленных молекулами главного комплекса гистосовместимости (MHC) на антигенпредставляющих клетках. Благодаря соматическим перестройкам, Т-клетки экспрессируют широкий спектр уникальных рецепторов. Эти высокоразнообразные гетеродимеры в основном состоят из двух субъединиц: α и β цепей, и меньшего процента γ и δ цепей. TCR α и γ цепи образуются путем V/J рекомбинации, которая происходит в результате случайных перестроек переменных (V) и соединительных (J) генов. Цепи β и δ образуются путем V/J/D рекомбинации, которая также включает гены разнообразия (D).
Таким образом, индивидуальный репертуар TCR формируется путем V/J/D рекомбинации. Эта рекомбинация приводит к чрезвычайно разнообразному региону, определяющему комплементарность 3 (CDR3). Этот регион является привлекательной целью для оценки общего разнообразия репертуара TCR, поскольку считается уникальным для каждого варианта TCR-β.
Исследование репертуара TCR может:

• предоставить информацию о функциях Т-клеток в иммунном ответе, например, иммуносупрессии.
• позволить мониторинг лекарственной терапии, такой как иммунотерапия при раке, и связанных с этим изменений в состоянии Т-клеток.
• улучшить персонализированную медицину путем анализа опухоль-инфильтрирующих Т-клеток.

Представители ведущей генетической лаборатории Германии и Европы

Новейшее качественное оборудование

Оборудование

Исследования проводятся с использованием системы NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений.

Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.

Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.

Результаты исследования

В доставку включены демультиплексированные
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны

Размещение данных 
на защищенном сервере

Удаленный носитель

Доставка данных 
на жестком диске

Физический носитель

Биоинформатика

Сырые данные секвенирования обрабатываются автоматически. Мы предлагаем различные уровни биоинформатического анализа. Уровень по умолчанию — Уровень 1. С увеличением уровня биоинформатического анализа предоставляется больше данных. Все более высокие уровни включают данные с нижних уровней. В дополнение к данным, независимо от уровня анализа, создается отчет по проекту.

Уровень 1:

• Демультиплексирование и обрезка адаптеров (формат FASTQ)

Уровень 2:

• Реконструкция клонов TCR
• Оценка клональности и разнообразия (форматы TSV и PNG)

По запросу доступны следующие дополнительные опции для биоинформатического анализа:

• отслеживание клонов TCR
• изменения репертуара на разных временных точках

Требования к образцам

Перед отправкой образцов на секвенирование, крайне рекомендуем внимательно ознакомиться с требованиями к образцам, чтобы обеспечить наилучшие результаты.

На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.

Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.

Закажите исследование

Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с Вами в ближайшее время!