Иммунопрофилирование отдельных клеток

Открывая секреты иммунитета: Профилирование иммунных клеток на уровне отдельных клеток

Иммунная система — это сложная, жизненно важная сеть, включающая различные органы, типы клеток и молекулы. Два важных компонента этой сложной сети — Т- и В-клетки с их соответствующими Т-клеточными рецепторами (TCR) и В-клеточными рецепторами (BCR). BCR распознают антигены, что приводит к активации клеток и последующей секреции антител. TCR распознают антигены, представленные другими клетками, и играют важную роль в различении патогенных антигенов от антигенов хозяина. Благодаря соматической перестройке генов рецепторов В- и Т-клеток, также известной как V/D/J рекомбинация, создается огромное количество уникальных рецепторов для обнаружения различных антигенов. Эта V/D/J рекомбинация формирует индивидуальный репертуар TCR и BCR.
Исследование разнообразия иммунных клеток в отношении репертуаров TCR и BCR предоставляет информацию о функционировании нашей иммунной системы и ее реакции на различные условия. Таким образом, исследования на уровне отдельных клеток с использованием секвенирования РНК позволяют выявлять различные клонотипы и клон-специфичную экспрессию генов. Поскольку функционирующая иммунная система жизненно важна для нашего здоровья, такие данные имеют большое значение. Более глубокое понимание состава иммунной системы может помочь лучше понять сложность заболеваний и разработать и протестировать соответствующие методы лечения или вакцины.

Новейшее качественное оборудование

Оборудование

Исследования проводятся с использованием системы NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений.

Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.

Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.

Результаты исследования

В доставку включены демультиплексированные
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны

Размещение данных 
на защищенном сервере

Удаленный носитель

Доставка данных 
на жестком диске

Физический носитель

Биоинформатика

Сырые данные секвенирования обрабатываются автоматически. Мы предлагаем различные уровни биоинформатического анализа. Уровень по умолчанию — уровень 1. С увеличением уровня биоинформатического анализа предоставляется больше данных. Все более высокие уровни включают данные с нижних уровней. В дополнение к данным, независимо от уровня анализа, создается отчет по проекту.
Мы анализируем данные вашего профилирования иммунных клеток на уровне отдельных клеток с помощью программного обеспечения Cell Ranger от 10x Genomics®. Этот рабочий процесс включает выравнивание чтений, фильтрацию, анализ экспрессии генов и определение клонотипов в библиотеках V/D/J.

Уровень 1:

• Демультиплексирование секвенированных данных, включая индексные чтения (формат FASTQ)

Уровень 2:

• Выравнивание секвенированных данных
• Анализ экспрессии генов
• Анализ V/D/J

Уровень 3:
При наличии более одного секвенированного образца ваши данные о профилировании иммунных клеток на уровне отдельных клеток объединяются в единый матричный эксперимент и повторно анализируются после нормализации.

Требования к образцам

Перед отправкой образцов на секвенирование, крайне рекомендуем внимательно ознакомиться с требованиями к образцам, чтобы обеспечить наилучшие результаты.

На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.

Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.

Закажите исследование

Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с Вами в ближайшее время!