Применение жидкостной биопсии многогранно и имеет несколько значительных преимуществ перед традиционным анализом. Наиболее важно то, что анализ жидкостной биопсии основан на простом заборе крови и, следовательно, легко повторяется.
Области применения жидкостных биопсий:
- мониторинг опухолевого заболевания
- мониторинг ответа на лечение
- стратификация пациентов и выбор лечения
- обнаружение минимальной остаточной болезни
- раннее обнаружение и профилирование устойчивости к терапии
- Выбирая LB Target, вы выбираете метод цифровой капельной ПЦР. Этот подход особенно подходит для мониторинга отдельных вариантов.
- LB Focus нацелен на избранные гены, связанные с раком. Этот подход, основанный на секвенировании нового поколения (NGS), использует панель генов, разработанную CeGaT.
- Выбирая LB Exploratory, вы получаете комплексное геномное профилирование cfDNA с использованием теста TSO500 ctDNA от Illumina.
- Для LB Flex можно нацелить либо весь экзом, либо заранее определенное подмножество генов.
Хотите, чтобы на ваших данных были проведены дополнительные биоинформатические анализы, помимо включенных в поставку? Каждый из наших продуктов может быть дополнен дополнительными услугами. Мы будем рады проконсультировать вас.
LB Target
LB Focus
LB Exploratory
LB Flex
Виды
Человек
Виды
Человек
Виды
Человек
Виды
Человек
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Таргет
Отдельные мутации
Таргет
Панель из 36 генов (15,15 Кб)
Таргет
Панель из 523 генов (1,94 Мб)
Таргет
экзом или панель
Технология
Анализ методом ddPCR
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Биоинформатика
недоступно
Биоинформатика
CeGaT bioinformatic pipeline
Биоинформатика
TSO500 (Illumina) bioinformatic pipeline
Биоинформатика
Illumina DRAGEN Bio-IT Platform
Duplex UMIs
недоступно
Duplex UMIs
Да
Duplex UMIs
Да
Duplex UMIs
недоступно
Тип варианта
SNVs
Тип варианта
SNVs и indels
Тип варианта
SNVs и indels, DNA фьюжны, CNVs, MSI, TMB
Тип варианта
SNVs и indels
Результаты
Отчет о проекте, DDPCR, GLP
Результаты
Отчет о проекте, файлы: FASTQ, BAM, VCF, TSV
Результаты
Отчет о проекте и отчет о TMB/MSI, файлы: FASTQ, BAM, VCF, TSV
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответствии с требованиями
90 000 рублей
8 образцов - 399'750 рублей
4 образца - 423'750 рублей
*цена за 1 образец
Рассчитывается в соответствии с требованиями
LB Target
Виды
Человек
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Таргет
Отдельные мутации
Технология
Анализ методом ddPCR
Биоинформатика
недоступно
Duplex UMIs
недоступно
Тип варианта
SNVs
Результаты
Отчет о проекте, DDPCR, GLP
Рассчитывается в соответствии с требованиями
LB Focus
Виды
Человек
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Цель
Панель из 36 генов (15,15 Кб)
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Биоинформатика
CeGaT bioinformatic pipeline
Duplex UMIs
Да
Тип варианта
SNVs и indels
Результаты
Отчет о проекте, файлы: FASTQ, BAM, VCF, TSV
90 000 рублей
LB Exploratory
Виды
Человек
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Цель
Панель из 523 генов (1,94 Мб)
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Биоинформатика
TSO500 (Illumina) bioinformatic pipeline
Duplex UMIs
Да
Тип варианта
SNVs и indels, DNA фьюжны, CNVs, MSI, TMB
Результаты
Отчет о проекте и отчет о TMB/MSI, файлы: FASTQ, BAM, VCF, TSV
8 образцов - 399'750 рублей
4 образца - 423'750 рублей
*цена за 1 образец
LB Flex
Виды
Человек
Стартовый материал
Цельная кровь (например, Streck® tubes), плазма, другие биологические жидкости, изолированные нуклеиновые кислоты
Цель
экзом или панель
Технология
Анализ методом секвенирования нового поколения (NGS)
Биоинформатика
Illumina DRAGEN Bio-IT Platform
Duplex UMIs
недоступно
Тип варианта
SNVs и indels
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответствии с требованиями
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
Для LB Focus исходные данные секвенирования (в формате FASTQ) автоматически обрабатываются на основе биоинформационного алгоритмического комплекса CeGaT. Анализ для LB Focus включает выравнивание демультиплексированных данных секвенирования с обрезкой адаптеров (в формате BAM), а также вызов и аннотацию однонуклеотидных вариаций (SNVs) и инделов (в форматах VCF и TSV). Кроме данных, генерируется отчет о проекте (в формате PDF).
Для LB Exploratory исходные данные секвенирования (в формате FASTQ) автоматически обрабатываются на основе пайплайна TSO500 (Illumina). Анализ для LB Exploratory включает выравнивание обрезанных данных секвенирования (в формате BAM), вызов и аннотацию SNVs и инделов, а также фрагменты ДНК-слияния (в форматах VCF, TSV и JSON). Кроме того, оцениваются CNVs (в формате VCF) и статус MSI/TMB (в формате TSV). Кроме данных, генерируется отчет о проекте (в формате PDF).
Для LB Flex исходные данные секвенирования автоматически обрабатываются на основе платформы DRAGEN Bio-IT.
Мы предлагаем различные уровни биоинформатического анализа. По умолчанию используется уровень 1. Чем выше уровень — тем больше данных можно получить. Высокие уровни включают в себя информацию, в том числе, с низких уровней. Независимо от выбранного уровня, вы получите отчет.
Уровень 1:
- Демультиплексирование и обрезка адаптеров (формат FASTQ)
- Анализ качества данных и метрики (формат CSV)
- MultiQC отчёт (формат HTML)
- Выравнивание секвенированных данных (формат BAM)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Выявление однонуклеотидного полиморфизма и небольших вставок и делеций (инделов) (формат VCF)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Аннотация однонуклеотидных вариантов и делеций (форматы JSON и TSV) (только человеческие образцы)
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.