Главная/Услуги/Секвенирование/Малые РНК
small-RNA · miRNA · sncRNA

Секвенирование малых РНК

Секвенирование малых РНК фокусируется на коротких молекулах РНК. Эти короткие молекулы РНК играют важную роль в процессе сайленсинга и посттранскрипционной регуляции экспрессии генов. Секвенирование малых РНК позволяет более детально анализировать эти молекулы.

≥ 10М кластеров
на образец
Illumina
NovaSeq / NextSeq
RIN ≥ 8
качество РНК
miRBase
аннотация
01 · Об исследовании

Что мы анализируем

Секвенирование малых РНК позволяет:

профилировать все малые РНК и miRNA в транскриптоме, идентифицировать новые малые РНК, проводить тканеспецифический дифференциальный анализ экспрессии малых РНК, выявлять новые биомаркеры.

ПлатформаIllumina NovaSeq · NextSeq
Глубина≥ 10 М кластеров на образец
АннотацияmiRBase
ВидыЧеловек, млекопитающие (другие по запросу)
АнализDEG · новые miRNA · pre-miRNA
РезультатыFASTQ + отчёт
02 · Наши решения

Наши решения

Решение

CeGaT

SRS Classic

CeGaT

SRS Flex

Виды
Человек
Млекопитающие (другие виды по запросу)
Качество РНК
RIN ≥ 8
Различное / низкое качество
Платформа
Illumina
Illumina
Объём данных
≥ 10 М кластеров на образец
По требованию
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Отчёт и файлы FASTQ
Стоимость
По запросу
По запросу
03 · Оборудование

Illumina NovaSeq 6000 & NovaSeq X Plus

Исследования проводятся с использованием систем NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений. Образцы секвенируются в режиме 2 × 100 bp или 2 × 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.

Если вам нужны параметры, отличные от стандартных — сообщите, мы можем предложить дополнительные варианты.

Подробнее о технологиях →
Throughput
до 16 Tb за прогон
Read length
2 × 100 / 2 × 150
Accuracy
Q30 ≥ 90%
Coverage
по задаче
04 · Результаты

Как вы получаете данные

В доставку включены демультиплексированные и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны.

Удалённый носитель

Размещение данных на защищённом сервере. Защищённая ссылка для скачивания с подтверждением целостности по контрольным суммам.

Физический носитель

Доставка данных на жёстком диске — для больших проектов и случаев, когда внутренние политики клиента ограничивают онлайн-передачу.

05 · Биоинформатика

Уровни биоинформатического анализа

Исходные данные секвенирования обрабатываются автоматически. По умолчанию используется Уровень 1; более высокие уровни — опция.

Уровень 01 · включён

Демультиплексирование

Демультиплексирование секвенированных данных (FASTQ).

Уровень 02

Аннотация miRBase

Аннотация (TSV). Квантификация miRNA (TSV). Экспериментальное сравнение (HTML). Прогнозирование новых микроРНК (TSV, PDF).

Уровень 03

DEG-анализ

Нормализация (TSV). DEG-анализ для известных miRNA и pre-miRNA (TSV). Визуализация (PDF). ⚠ Требуется минимум 3 повторности в каждой группе.

06 · Требования к образцам

Перед отправкой

Перед отправкой образцов на секвенирование настоятельно рекомендуем ознакомиться с требованиями — это обеспечит наилучшие результаты. Наша команда готова оказать поддержку и консультации на каждом этапе подготовки.

Подробнее о требованиях

Закажите исследование

Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с вами в ближайшее время!

  • Подбор платформы и дизайна эксперимента
  • Логистика образцов и пробоподготовка
  • Биоинформатический анализ и отчёт