Комплексное профилирование опухолей предполагает одновременную оценку нескольких биомаркеров в одном анализе. Этот подход не только позволяет выявить наиболее релевантные предсказательные маркеры для текущих таргетных терапий, но и ключевые иммунно-онкологические биомаркеры, такие как опухолевая мутационная нагрузка (TMB) и микросателлитная нестабильность (MSI).
TMB – это биомаркер, измеряющий количество соматических мутаций в опухоли (mut/Mb). Другим ключевым биомаркером иммунной терапии является MSI, которая вызывается нарушением системы репарации ДНК.
Области применения комплексного профилирования опухолей многообразны и включают:
- стратификацию пациентов для выбора наилучшего лечения,
- выявление пациентов, подходящих для клинических испытаний,
- продвижение клинических исследований, особенно в области иммунотерапии.
Наши продукты CTP Somatic и CTP Tumor основаны на экзомном секвенировании (WES). Они обрабатываются аналогично нашим другим услугам WES с использованием платформы DRAGEN Bio-IT.
Для CTP Somatic требуются нормальная и опухолевая пробы для сравнения опухоль-норма. Для CTP Tumor требуется только опухолевая проба.
Если вас интересует только подмножество генов, то мы предлагаем вам различные продукты панельного секвенирования. Выбирая нашу панель CTP TUM, вы получаете данные о более чем 760 генов. Кроме того, анализируется 31 терапевтически значимый фьюжн с высокой глубиной секвенирования.
Наша панель CTP PAT охватывает 55 генов, имеющих высокую значимость для опухолевых заболеваний.
Также мы предлагаем панель CTP FUS. В отличие от двух других панелей ДНК, панель CTP FUS является РНК-панелью, фокусирующейся на фьюжнах, связанных с различными опухолевыми заболеваниями.
CTP Somatic
CTP Tumor
CTP TUM Panel
CTP PAT Panel
CTP FUS Panel
Виды
Человек
Виды
Человек
Виды
Человек
Виды
Человек
Виды
Человек
Панель секвенирования
Whole exome sequencing (Twist Bioscience)
Панель секвенирования
Whole exome sequencing (Twist Bioscience)
Панель секвенирования
Панель секвенирования
Панель секвенирования
Количество генов
~ 20 000
Количество генов
~ 20 000
Количество генов
~ 760
Количество генов
55
Количество генов
160
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Да
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Да
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Стартовый материал
тотальная РНК
Платформа секвенирования
Illumina
Платформа секвенирования
Illumina
Платформа секвенирования
Illumina
Платформа секвенирования
Illumina
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
12 Гб для нормы
18 Гб для опухоли
Объем данных секвенирования
12 или 24 Гб (в зависимости от клеточности)
Объем данных секвенирования
10 Гб
Объем данных секвенирования
В зависимости от вводных данных
Объем данных секвенирования
В зависимости от вводных данных
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
143 900 рублей
100 650 рублей
106 500 рублей
Рассчитывается в соответствии с требованиями
Рассчитывается в соответствии с требованиями
CTP Somatic
Виды
Человек
Панель секвенирования
Whole exome sequencing (Twist Bioscience)
Количество генов
~ 20 000
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Да
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
12 Гб для нормы
18 Гб для опухоли
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
143 900 рублей
CTP Tumor
Виды
Человек
Панель секвенирования
Whole exome sequencing (Twist Bioscience)
Количество генов
~ 20 000
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
12 или 24 Гб (в зависимости от клеточности)
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
100 650 рублей
CTP TUM Panel
Виды
Человек
Панель секвенирования
Количество генов
~ 760
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Да
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
10 Гб
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
106 500 рублей
CTP PAT Panel
Виды
Человек
Панель секвенирования
Количество генов
55
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Стартовый материал
Свежая замороженная ткань, FFPE, высокомолекулярная ДНК или фрагментированная ДНК
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответствии с требованиями
CTP FUS Panel
Виды
Человек
Панель секвенирования
Количество генов
160
Сравнение опухоли и нормальной тканей
Нет
Стартовый материал
тотальная РНК
Платформа секвенирования
Illumina
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответствии с требованиями
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Мы можем проводить исследования CTP Somatic и CTP Tumor на основе референсных геномах человека hg19 или GRCh38. Анализы для CTP TUM Panel и CTP PAT Panel основаны на референсных геномах hg19 и доступны до уровня 4.
Уровень 1:
- Демультиплексирование и обрезка адаптеров (формат FASTQ)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- MultiQC отчёт (формат HTML)
- Выравнивание данных (формат BAM)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Выявление однонуклеотидного полиморфизма и небольших вставок и делеций (инделов) (формат VCF)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Аннотация однонуклеотидных вариантов и делеций (форматы JSON и TSV) (только человеческие образцы)
- Выявление вариаций числа копий генов (форматы VCF и GFF3), включая метрики (формат CSV)
- Сравнение вариантов в нескольких образцах, например, трио-фильтрация (форматы VCF и TSV). Для образцов опухолей (сравнение только опухоли (tumor-only) и опухоли с нормой (tumor-normal)) мы можем дополнительно предложить следующие анализы:
- Определения биомаркеров: опухолевая мутационная нагрузка (TMB) и микросателлитная нестабильность (MSI) (форматы TSV и JSON)
- HRD (формат CSV) (только для CTP Somatic)
Мы можем выполнить анализы для панели CTP FUS на основе референсного генома человека hg19.
Уровень 1:
- демультиплексирование и обрезка адаптеров в данных секвенирования
- (формат FASTQ)
Уровень 2:
- картирование данных секвенирования (формат BAM)
Уровень 3:
- доставка обнаруженных событий слияния (формат TSV)
Все более высокие уровни обработки включают данные с более низких уровней. Независимо от уровня анализа, в дополнение к данным, создается технический отчет.
Мы можем проводить исследования CTP Somatic и CTP Tumor на основе референсных геномах человека hg19 или GRCh38. Анализы для CTP TUM Panel и CTP PAT Panel основаны на референсных геномах hg19 и доступны до уровня 4.
Уровень 1:
- Демультиплексирование и обрезка адаптеров (формат FASTQ)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- MultiQC отчёт (формат HTML)
- Выравнивание секвенированных данных (формат BAM)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Выявление однонуклеотидного полиморфизма и небольших вставок и делеций (инделов) (формат VCF)
- Анализ качества данных и метрик (формат CSV)
- Аннотация однонуклеотидных вариантов и делеций (форматы JSON и TSV) (только человеческие образцы)
- Выявление вариаций числа копий генов (форматы VCF и GFF3), включая метрики (формат CSV)
- Сравнение вариантов в нескольких образцах, например, трио-фильтрация (форматы VCF и TSV). Для образцов опухолей (сравнение только опухоли (tumor-only) и опухоли с нормой (tumor-normal)) мы можем дополнительно предложить следующие анализы:
- Определения биомаркеров: опухолевая мутационная нагрузка (TMB) и микросателлитная нестабильность (MSI) (форматы TSV и JSON)
- HRD (формат CSV) (только для CTP Somatic)
Мы можем выполнить анализы для панели CTP FUS на основе референсного генома человека hg19.
Уровень 1:
- демультиплексирование и обрезка адаптеров в данных секвенирования
- (формат FASTQ)
Уровень 2:
- картирование данных секвенирования (формат BAM)
Уровень 3:
- доставка обнаруженных событий слияния (формат TSV)
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.