Связаться
Оставьте свои контакты. Мы с вами свяжемся и обсудим вашу задачу
Нажимая на кнопку, вы соглашаетесь с нашей политикой обработки персональных данных
Секвенирование РНК отдельных клеток
Секвенирование РНК отдельных клеток
Человеческое тело состоит более чем из 30 триллионов клеток. В пределах органа или ткани встречаются различные типы и популяции клеток, которые значительно различаются по своему транскрипционному профилю. Клеточная гетерогенность является важной особенностью нормальных физиологических процессов. Разные типы и популяции клеток выполняют различные функции, необходимые для правильного функционирования ткани или органа.
Традиционные методы секвенирования РНК (bulk RNA-seq) не могут выявить гетерогенность образцов различных клеточных популяций. Однако технологии секвенирования РНК отдельных клеток теперь позволяют анализировать индивидуальные транскриптомы тысяч клеток в одной пробе. Таким образом, эта технология может помочь выявить транскрипционные изменения на уровне специфических типов клеток, что может привести к идентификации новых биомаркеров или помочь лучше понять биологию тканей или заболеваний.
Области применения секвенирования РНК отдельных клеток:
Традиционные методы секвенирования РНК (bulk RNA-seq) не могут выявить гетерогенность образцов различных клеточных популяций. Однако технологии секвенирования РНК отдельных клеток теперь позволяют анализировать индивидуальные транскриптомы тысяч клеток в одной пробе. Таким образом, эта технология может помочь выявить транскрипционные изменения на уровне специфических типов клеток, что может привести к идентификации новых биомаркеров или помочь лучше понять биологию тканей или заболеваний.
Области применения секвенирования РНК отдельных клеток:
- выявление гетерогенности опухолей
- дифференцировка клеток и отслеживание их происхождения
- реакция на терапевтические вмешательства
- исследование биомаркеров
Технология 10X & Illumina
Изучите наш портфель продуктов секвенирования РНК отдельных клеток
Мы предоставляем комплексную и первоклассную поддержку проекта – от выбора подходящего продукта до оценки данных. Каждый проект курируется и на протяжении всего проекта у вас будет контактное лицо для обсуждения любых деталей.
3‘ SCR
SCR Flex
Виды
Человек, мышь
По запросу возможны и другие виды
Виды
Человек, мышь
Тип образца
Замороженные клеточные суспензии
Тип образца
FFPE или фиксированные клеточные суспензии
Требования к образцу
1 миллион клеток в 1 мл среды для криоконсервации
90% жизнеспособность клеток
По запросу возможны и другие образцы
Требования к образцу
2*25мкм (человек)/2*50 мкм (мышь) или 1 миллион клеток
Платформа секвенирования
Chromium™ system (10x Genomics®)
Illumina
Платформа секвенирования
Chromium™ system (10x Genomics®)
Illumina
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Объем данных секвенирования
В соответсвии с требованиями заказчика
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Рассчитывается в соответствии с требованиями
Рассчитывается в соответствии с требованиями
Техническая Информация
Мы можем процессировать от 500 до 10'000 клеток в пробе, и до 8 проб могут быть запущены параллельно на одном чипе Chromium Next GEM.
Рекомендуется получать по крайней мере 20'000 парных чтений на клетку.
Необходимая глубина секвенирования сильно зависит от типа образца и экспериментального вопроса.
Если вам требуются другие параметры секвенирования, пожалуйста, сообщите нам! Мы можем предложить дополнительные решения.
Рекомендуется получать по крайней мере 20'000 парных чтений на клетку.
Необходимая глубина секвенирования сильно зависит от типа образца и экспериментального вопроса.
Если вам требуются другие параметры секвенирования, пожалуйста, сообщите нам! Мы можем предложить дополнительные решения.
Оборудование
Исследования проводятся с использованием системы NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений.
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
Образцы WGS секвенируются в режиме 2 x 100 bp или 2 x 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам необходимы параметры секвенирования, отличающиеся от тех, что представлены выше, сообщите, пожалуйста! Мы можем предложить дополнительные варианты решений.
Результаты исследования
В доставку включены демультиплексированные
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны
Размещение данных
на защищенном сервере
Удаленный носитель
Доставка данных
на жестком диске
Физический носитель
Биоинформатика
Сырые данные секвенирования обрабатываются автоматически. Мы предлагаем различные уровни биоинформатического анализа. Уровень по умолчанию — Уровень 1. С повышением уровня биоинформатического анализа предоставляется больше данных. Все более высокие уровни включают данные с низших уровней. В дополнение к данным, независимо от уровня анализа, создается отчет по проекту.
Мы анализируем данные секвенирования РНК отдельных клеток с помощью программного обеспечения Cell Ranger от 10x Genomics®. Этот рабочий процесс включает выравнивание, создание матриц признаков, кластеризацию клеток и анализ экспрессии генов.
Уровень 1:
Мы анализируем данные секвенирования РНК отдельных клеток с помощью программного обеспечения Cell Ranger от 10x Genomics®. Этот рабочий процесс включает выравнивание, создание матриц признаков, кластеризацию клеток и анализ экспрессии генов.
Уровень 1:
- Демультиплексирование секвенированных данных, включая индексные прочтения (формат FASTQ).
- Выравнивание (формат BAM).
- Стандартный файл визуализации в программе Loupe (формат CLOUPE).
- Таблицы подсчета выравненных прочтений для последующего анализа (формат TSV).
- Предварительный анализ кластеризации (формат CSV).
- Предварительный анализ дифференциальной экспрессии генов (формат CSV).
- Для более чем одного секвенированного образца ваши данные по секвенированию одиночных клеток объединяются в матрицу для всего эксперимента и повторно анализируются после нормализации.
Требования к образцам
Перед отправкой образцов на секвенирование, крайне рекомендуем внимательно ознакомиться с требованиями к образцам, чтобы обеспечить наилучшие результаты.
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.
На нашем сайте вы найдете подробную информацию о необходимых объемах и качестве образцов, а также хранению и транспортировке.
Мы понимаем, что подготовка образцов может вызывать вопросы, поэтому наша команда готова оказать вам поддержку и консультации на каждом этапе процесса. Не стесняйтесь обращаться к нам – ваше удобство и успешное проведение исследования для нас приоритетны.
Закажите исследование
Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с Вами в ближайшее время!