523 гена
DNA-компонент
Стандартная пан-опухолевая панель Illumina — 523 гена ДНК и 55 fusion-партнёров РНК в одном анализе. Прямой расчёт TMB (мутационной нагрузки) и MSI (микросателлитной нестабильности) из данных самой панели — критично для подбора иммунотерапии.
Мы предлагаем различные продукты TSO500 для решения разнообразных исследовательских задач. К каждому нашему исследованию могут быть добавлены дополнительные услуги. Будем рады проконсультировать вас.
Доступны две версии: TSO500 для тканевых образцов (FFPE / fresh-frozen) и TSO500 ctDNA для жидкой биопсии — те же 523 гена из плазмы крови.
Исследования проводятся с использованием систем NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений. Образцы секвенируются в режиме 2 × 100 bp или 2 × 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.
Если вам нужны параметры, отличные от стандартных — сообщите, мы можем предложить дополнительные варианты.
Подробнее о технологиях →В доставку включены демультиплексированные и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны.
Размещение данных на защищённом сервере. Защищённая ссылка для скачивания с подтверждением целостности по контрольным суммам.
Доставка данных на жёстком диске — для больших проектов и случаев, когда внутренние политики клиента ограничивают онлайн-передачу.
Сырые данные секвенирования (FASTQ) автоматически обрабатываются с использованием софта TSO500 (Illumina). Анализ включает выравнивание (BAM), выявление и аннотацию SNV, indels, ДНК-fusion (VCF, TSV, JSON), оценку CNV (VCF) и статуса TMB/MSI (TSV). В дополнение к данным создаётся отчёт по проекту (PDF).
FASTQ → BAM → VCF/TSV/JSON + TMB/MSI + CNV + PDF-отчёт. Все этапы автоматически.
Перед отправкой образцов на секвенирование настоятельно рекомендуем ознакомиться с требованиями — это обеспечит наилучшие результаты. Наша команда готова оказать поддержку и консультации на каждом этапе подготовки.
Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с вами в ближайшее время!