Главная/Услуги/Секвенирование/Секвенирование транскриптома
RNA-seq · powered by CeGaT

Секвенирование транскриптома

Транскриптом включает все РНК, присутствующие в определённом типе клеток/тканей в конкретное время. Их наличие и количество соответствуют текущему метаболическому состоянию клеток и зависят от внешних и внутренних изменений. Секвенирование транскриптома — мощный метод для обнаружения и количественной оценки РНК.

от 35 850 ₽
за образец
6–10 Гб
30–50 М кластеров
Illumina
NovaSeq 6000 / X Plus
4 решения
CTS / WTS / WTS Deep / Flex
01 · Об исследовании

Исследование РНК — спектр применения

Области применения и цели секвенирования транскриптома разнообразны и включают:

анализ уровня дифференциальной экспрессии генов, обнаружение альтернативного сплайсинга и ранее неизвестных транскриптов.

Мы предлагаем различные услуги секвенирования транскриптома, которые обеспечивают надёжное и точное понимание присутствующих РНК в определённом типе клеток или тканей в конкретное время.

ПлатформаIllumina NovaSeq 6000 · X Plus
ПрепаратpolyA / рибодеплеция
Объём6 Гб (30М) / 10 Гб (50М)
ВидыЭукариоты, прокариоты
АнализDEG · сплайсинг · GO · KEGG
Биоинформатика5 уровней
02 · Наши решения

Четыре решения для разных задач

От мРНК-специфичного скрининга на качественной РНК до кастомных проектов с рибодеплецией и прокариотами.

Решение

CeGaT

CTS Classic

CeGaT

WTS Classic

CeGaT

WTS Classic Deep

CeGaT

TS Flex

Виды
Эукариоты
Человек, мышь, крыса
Человек, мышь, крыса
Эукариоты, прокариоты
Качество РНК
RIN > 8
Различное / низкое
Различное / низкое
В зависимости от протокола
Целевой регион
мРНК
тотальная РНК, с рибодеплецией
тотальная РНК, с рибодеплецией
мРНК, тотальная РНК (с/без рибодеплеции)
Платформа
Illumina
Illumina
Illumina
Illumina
Объём данных
6 Гб
30М кластеров
6 Гб
30М кластеров
10 Гб
50М кластеров
По требованию
Результаты
Отчёт и файлы FASTQ
Отчёт и файлы FASTQ
Отчёт и файлы FASTQ
Отчёт и файлы FASTQ
Стоимость
35 850 ₽
40 350 ₽
43 350 ₽
По запросу
03 · Оборудование

Illumina NovaSeq 6000 & NovaSeq X Plus

Исследования проводятся с использованием систем NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений. Образцы секвенируются в режиме 2 × 100 bp или 2 × 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.

Если вам нужны параметры, отличные от стандартных — сообщите, мы можем предложить дополнительные варианты.

Подробнее о технологиях →
Throughput
до 16 Tb за прогон
Read length
2 × 100 / 2 × 150
Accuracy
Q30 ≥ 90%
Coverage
по задаче
04 · Результаты

Как вы получаете данные

В доставку включены демультиплексированные и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны.

Удалённый носитель

Размещение данных на защищённом сервере. Защищённая ссылка для скачивания с подтверждением целостности по контрольным суммам.

Физический носитель

Доставка данных на жёстком диске — для больших проектов и случаев, когда внутренние политики клиента ограничивают онлайн-передачу.

05 · Биоинформатика

Уровни биоинформатического анализа

Сырые данные секвенирования обрабатываются автоматически. Базовый Уровень 1 всегда включён в стоимость; более высокие уровни — дополнительная опция.

Уровень 01 · включён

Сырые данные

Демультиплексирование и обрезка адаптеров (FASTQ).

Уровень 02

Выравнивание

Выравнивание на референс (BAM).

Уровень 03

Нормализация

Нормализация экспрессии (TSV).

Уровень 04

Дифференциальная экспрессия

Сравнение групп и DEG-анализ (TSV). Тепловые карты, MA-plot, volcano-plot (PDF). ⚠ Требуется минимум 3 повторности в каждой группе.

Уровень 05 · опция

GO / KEGG

GO Анализ (TSV, PDF) — для любых организмов. KEGG-анализ (TSV, PDF) — только для человеческих образцов.

06 · Требования к образцам

Перед отправкой

Перед отправкой образцов на секвенирование настоятельно рекомендуем ознакомиться с требованиями — это обеспечит наилучшие результаты. Наша команда готова оказать поддержку и консультации на каждом этапе подготовки.

Подробнее о требованиях

Закажите исследование

Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с вами в ближайшее время!

  • Подбор платформы и дизайна эксперимента
  • Логистика образцов и пробоподготовка
  • Биоинформатический анализ и отчёт