Дополнительная информация о пространственном секвенировании транскриптомаСеквенирование РНК на уровне одной клетки (single-cell RNA sequencing) значительно продвинуло биомедицинские исследования в области транскриптомики. Оно позволяет анализировать гетерогенность биологических образцов на уровне отдельных клеток. Однако, из-за использования суспензий из отдельных клеток, подходы секвенирования РНК разрушают гистологическую организацию тканей, что приводит к потере пространственной информации.
Это создает неопределенность в понимании взаимодействий клеток с их микроокружением и того, как такие взаимодействия влияют как на отдельные клетки, так и на ткани в целом. Пространственное секвенирование транскриптома (также известное как spatial transcriptomics или пространственно-разрешенная транскриптомика) объединяет данные о генной экспрессии с локализацией клеток в ткани. Благодаря этому подходу сохраняется информация о пространственном контексте клетки в ткани.
Объединяя данные о генной экспрессии с их локализацией, можно лучше понять организацию клеток и тканей в условиях здоровья и болезни. Пространственное секвенирование транскриптома используется как в фундаментальных, так и в клинических исследованиях, особенно в таких областях, как нейробиология, онкология и биология развития.

Применение пространственной транскриптомики:

Нейробиология:

1. Пространственная транскриптомика открывает новые перспективы для изучения сложного разнообразия типов клеток мозга и их организации. Эти достижения позволяют более детально изучать неврологические заболевания, такие как боковой амиотрофический склероз (БАС) и болезнь Альцгеймера.
2. Онкология:
3. Пространственное секвенирование транскриптома помогает в создании профилей пространственной гетерогенности опухолей и глубоких характеристик опухолевой микроокружения. Это углубляет понимание механизмов развития и прогрессии рака.
4. Биология развития:
5. Пространственная транскриптомика позволяет реконструировать сложные пути развития, такие как регенерация тканей, эмбриональное развитие и динамика стволовых клеток. Она также создаёт пространственные карты сложных тканей.
6. Комбинированные исследования и фармакология:
7. Пространственная транскриптомика может использоваться в сочетании с анализами лекарственных препаратов для оценки реакции ткани на различные виды терапии. Например, она полезна при идентификации мишеней для лекарств.

Используя возможности пространственного секвенирования транскриптома, можно получать ценные данные для изучения клеточных взаимодействий, механики заболеваний и разработки новых терапевтических подходов.