Главная/Услуги/Секвенирование/Пространственная транскриптомика
Spatial transcriptomics · 10x Visium CytAssist

Пространственная транскриптомика

Получите самую полную генетическую информацию об объекте исследования. Методы пространственного секвенирования транскриптома сочетают традиционные методы окрашивания и визуализации с РНК-секвенированием. Это позволяет анализировать биологические архитектуры, выявлять гетерогенность тканей, классифицировать ткани на основе профилей экспрессии и открывать новые биомаркеры.

Visium CytAssist
10x Genomics®
SD: 5 000
точек / HD: 11 млн
FFPE block / slide
разные подачи
125–275 М
ридов на образец
01 · Об исследовании

Транскриптом в тканевом контексте

Транскриптомные технологии предоставляют важные данные о характеристиках клеток. Изменения в окружении клетки могут влиять на её транскриптом. Когда клетки объединяются в ткани, транскриптом каждой отдельной клетки существенно зависит от окружающей ткани. Таким образом, анализ транскриптома в контексте тканевой морфологии может дать ценные и новые знания.

Мы предоставляем комплексную и первоклассную поддержку проекта — от выбора подходящего продукта до оценки данных.

Платформа10X Visium CytAssist + Illumina
ВидыЧеловек, мышь
МатериалFFPE block или slide
Разрешение SD~ 5 000 точек
Разрешение HD~ 11 млн безразрывных секторов
РезультатыFASTQ, BAM, H5, CLOUPE, HTML, TIFF, TSV, CSV
02 · Наши решения

Четыре варианта STS

Решение

CeGaT · 10x

STS SD Block

CeGaT · 10x

STS SD Slide

CeGaT · 10x

STS HD Block

CeGaT · 10x

STS HD Slide

Виды
Человек, мышь
Человек, мышь
Человек, мышь
Человек, мышь
Материал
FFPE блок
FFPE секция
FFPE блок
FFPE секция
Цель
Экспрессия генов + пространственная информация
Экспрессия генов + пространственная информация
Экспрессия генов + пространственная информация
Экспрессия генов + пространственная информация
Платформа
Visium CytAssist (10x Genomics®) + Illumina
Visium CytAssist (10x Genomics®) + Illumina
Visium CytAssist (10x Genomics®) + Illumina
Visium CytAssist (10x Genomics®) + Illumina
Разрешение
~ 5 000 точек
~ 5 000 точек
~ 11 млн секторов
~ 11 млн секторов
Объём данных
125 М ридов
125 М ридов
275 М ридов
275 М ридов
Результаты
Технический отчёт + FASTQ, BAM, H5, CLOUPE, HTML, TIFF, TSV, CSV
Технический отчёт + FASTQ, BAM, H5, CLOUPE, HTML, TIFF, TSV, CSV
Технический отчёт + FASTQ, BAM, H5, CLOUPE, HTML, TIFF, TSV, CSV
Технический отчёт + FASTQ, BAM, H5, CLOUPE, HTML, TIFF, TSV, CSV
Стоимость
По запросу
По запросу
По запросу
По запросу
03 · Оборудование

Illumina NovaSeq 6000 & NovaSeq X Plus

Исследования проводятся с использованием систем NovaSeq 6000 и NovaSeq X Plus — это быстрые и самые точные системы секвенирования коротких прочтений. Образцы секвенируются в режиме 2 × 100 bp или 2 × 150 bp, в зависимости от объекта и требований заказчика.

Если вам нужны параметры, отличные от стандартных — сообщите, мы можем предложить дополнительные варианты.

Подробнее о технологиях →
Throughput
до 16 Tb за прогон
Read length
2 × 100 / 2 × 150
Accuracy
Q30 ≥ 90%
Coverage
по задаче
04 · Результаты

Как вы получаете данные

В доставку включены демультиплексированные и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны.

Удалённый носитель

Размещение данных на защищённом сервере. Защищённая ссылка для скачивания с подтверждением целостности по контрольным суммам.

Физический носитель

Доставка данных на жёстком диске — для больших проектов и случаев, когда внутренние политики клиента ограничивают онлайн-передачу.

06 · Требования к образцам

Перед отправкой

Перед отправкой образцов на секвенирование настоятельно рекомендуем ознакомиться с требованиями — это обеспечит наилучшие результаты. Наша команда готова оказать поддержку и консультации на каждом этапе подготовки.

Подробнее о требованиях

Закажите исследование

Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с вами в ближайшее время!

  • Подбор платформы и дизайна эксперимента
  • Логистика образцов и пробоподготовка
  • Биоинформатический анализ и отчёт

Нажимая на кнопку, вы соглашаетесь с политикой конфиденциальности.