V1 – V9
все вариабельные регионы
Ген 16S рибосомной РНК имеет длину около 1.5 кб и содержит несколько консервативных и гипервариабельных регионов (V1–V9), которые различаются у разных бактерий. Используя технологию PacBio для секвенирования в реальном времени (SMRT), мы точно секвенируем полный ген 16S рРНК, охватывая все вариабельные регионы со средней длиной HiFi-чтений около 1.5 кб.
Стандартное 16S-секвенирование на Illumina охватывает только 1–2 вариабельных региона (обычно V3–V4) и даёт разрешение до уровня рода. Полноразмерный 16S на PacBio HiFi покрывает все девять вариабельных регионов (V1–V9) с точностью Q40+ и достигает разрешения до уровня вида.
Исключительная точность и длина HiFi-чтений PacBio, полученных с использованием режима циклического консенсусного секвенирования (CCS), позволяют детектировать микробные таксоны с высокой разрешающей способностью.
Исследования проводятся с использованием платформы PacBio — система с long-read секвенированием в режиме SMRT для получения HiFi-чтений с точностью Q40+.
Если вам нужны параметры, отличные от стандартных — сообщите, мы можем предложить дополнительные варианты.
Подробнее о технологиях →В доставку включены демультиплексированные и триммированные файлы формата FASTQ. Дополнительные биоинформатические опции также доступны.
Размещение данных на защищённом сервере. Защищённая ссылка для скачивания с подтверждением целостности по контрольным суммам.
Доставка данных на жёстком диске — для больших проектов и случаев, когда внутренние политики клиента ограничивают онлайн-передачу.
Сырые данные обрабатываются автоматически. По умолчанию используется Уровень 1; более высокий уровень — опция.
Демультиплексирование секвенированных данных (HiFi-чтения, FASTQ).
Таксономическая классификация до уровня видов (по возможности). Сопоставление с базой микробиома (FASTA, RMA). Таксономические таблицы изобилия (XLSX, TSV, BIOM). Столбчатые диаграммы (PNG).
Перед отправкой образцов на секвенирование настоятельно рекомендуем ознакомиться с требованиями — это обеспечит наилучшие результаты. Наша команда готова оказать поддержку и консультации на каждом этапе подготовки.
Оставьте свои контактные данные и наши менеджеры свяжутся с вами в ближайшее время!